为方便生物学家使用，课题组围绕细胞调控图谱解析及其应用开发了系列在线服务。
- 转录本表达即时计算算法LocExpress
- 编码潜能预测算法CPC2，亦可使用老版本CPC1
- 转录本编码能力(Coding Ability)建模与预测RiboCalc
- 长非编码RNA功能注释工具AnnoLnc
- 人类长非编码RNA参考功能注释数据库RefLnc
- 基因丢失(Gene Loss)鉴定方法LOST & FOUND
- 遗传变异功能注释工具包COPE ：编码区变异 、调控区变异
- 转录调控相关的非编码区遗传变异鉴定算法CARMEN
- 转录调控相关的非编码区遗传变异数据库REVA
- 中国食管癌变异数据库CCGD/ESCC：与肿瘤医院吴晨课题组合作完成
同时，课题组还以开源方式，开放了部分分析、计算与可视化平台，供研究人员免费使用。